ارزیابی سطح بیان MFAP4، miRNA 582-5P وmiRNA 1181 در بافت توموری و حاشیه تومور افراد مبتلا به سرطان سینه

Abstract

تکنیک‌های high-troughput مثل ریزآرایه و متعاقب آن تعیین پروفایل بیانی بیماران، نقش پزشکی در سرطان سینه را متحول کرد. این طبقه‌بندی نه تنها فهم محققین را نسبت به آسیب‌شناسی این بیماری بالا برد بلکه با معرفی هورمون‌درمانی به عنوان یک روش درمانی جدید، پیش‌آگهی بیماری را افزایش و چالش‌های ناشی از شیمی‌درمانی را کاهش داد. مطالعۀ حاضر، با هدف یافتن بیومارکرهای کاندید جدید از میان دیتاست‌های ریزآرایۀ ژنی و miRNA و بررسی آن‌ها‌ با روش quantitative PCR (qPCR) صورت پذیرفت. مواد و روش‌ها: ابتدا سه دیتاست ژنی GSE139038، GSE24124 و GSE9309 و دو دیتاست miRNA با شناسۀ GSE45666 و GSE42072 را از پایگاه‌داده Gene Expression ombinus (GEO) انتخاب کردیم. پس از پردازش و آنالیز آن‌ها در محیط RStudio، مسیرها و جایگاه‌های سلولی مرتبط با نتایج دیتاست‌های ژنی را از پایگاه‌داده g:Profiler پیدا کردیم. ماتریکس خارج‌سلولی در صدر مهم‌ترین جایگاه‌ها و مسیرهای سلولی یافت‌شده قرار گرفت و متعاقب آن ژن Microfibrillar-Associated Protein 4 (MFAP4) به عنوان یک بیومارکر کاندید جدید در سرطان سینه شناسایی شد. miR-1181 و miR-582-5p نیز به عنوان دو miRNA جدید که احتمال هدف قراردادن MFAP4 را داشت، با اشتراک میان نتایج آنالیز دیتاست‌های miRNA و یافته‌های miRWalk برگزیده شد. همچنین صحت انتخاب این سه فاکتور با داد‌های TCGA آنالیزشده در سایت UALCAN بررسی شد. در نهایت نتایج با روش qPCR در میان 50 بافت‌ توموری و 50 بافت حاشیۀ تومور مقایسه گردید. یافته‌ها: همسو با نتایج in silico، MFAP4 کاهش بیان معنادار و miR-1181 و miR-582-5p افزایش بیان معنادار نشان داد؛ اگرچه همبستگی قابل‌توجهی میان ژن و هریک از دو miRNA یافت نشد. همچنین ارزش مدل ترکیبی آن‌ها در تست‌های تشخیصی، با نمودار ROC نشان داده شد؛ هرچند حساسیت و اختصاصیت هر یک از فاکتورها به تنهایی، قابل اتکا نبود. در پایان نیز با استفاده از یافته‌های پایگاه داده Kaplan Meier Plotter (KMP) نقش MFAP4، miR-1181 و miR-582-5p در پیش‌آگهی سرطان سینه گزارش گردید.