بررسی و آنالیز سیستم بیولوژی الگوی بیان ژنی بیماران دارای سرطان معده و ارزیابی اثر تیمار سلول های سرطان معده با دارو های رایج در درمان این سرطان بر بیان ژن های کلیدی بدست آمده
چکیده
سرطان معده یک مشکل بهداشتی جهانی محسوب شده و به تازگی سالانه بیش از 1 میلیون نفر در سراسر جهان به این نوع سرطان مبتلا می شوند. علیرغم کاهش جهانی در بروز و مرگ و میر در طول 5 دهه گذشته، سرطان معده سومین علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان است. عواملی همچون تشخیص دیر هنگام و ایجاد مقاومت به متدهای درمانی کنونی از عواملی اصلی آمار مرگ و میر بالای این بدخیمی است. لذا شناسایی اهداف و مسیرهای مولکولی جدید برای تبیین روش¬های درمانی جدید و هدفمند ضرورت دارد. لذا در این مطالعه با استفاده بررسی¬های بیوانفورماتیکی به شناسایی ژن¬های دخیل در بروز سرطان معده و تاثیر داروهای شیمی¬درمانی رایج بر بیان آ¬ن¬ها پرداختیم.
مواد و روش¬ها: با استفاده از دیتاست¬های موجود در پایگاه اطاعاتی GEO ژن¬¬هایی که در سرطان معده دچار تغییر بیان می¬شوند شناسایی شد. سپس سلول¬های AGS سرطان معده با پاکلی تاکسل و 5-FU تیمار گردیده و مقادیر IC50 آن¬ها اندازه¬گیری شد. همچنین محتوای RNA سلول¬های تیمار شده و سلول¬های کنترل بدون تیمار استخراج شد و پس سنتز cDNA بیان ژن¬های شناسایی شده با روش Real-Time PCR مورد بررسی قرار گرفت.
نتایج: آنالیزهای بیوانفورماتیکی با استفاده از دیتاست GSE33335 نشان داد ANXA10، ATP4A، LUM، PCG و CA9 از جمله ژن هایی هستند که تغییر بیان قابل توجه آن¬ها می تواند در ایجاد و پیشرفت سرطان معده نقش داشته باشد. همچنین نتایج حاصل از Real-Time PCR نشان داد بیان ژن ANXA10 بعد از درمان با پاکلی تاکسل به صورت معنادار افزایش می¬یاید در صورتی که درمان با 5-FU تغییری در بیان آن ایجاد نکرد. در مقابل، ATP4A در تیمار با 5-FU به صورت معناداری افزایش بیان یافته اما تیمار با پاکلی تاکسل تغییری در بیان این ژن ایجاد نکرد. همچنین، تغییر بیان ژن CA9 با تیمار های ذکر شده معنادار نبود. در مقابل، بیان ژن های LUM و PGCدر گروه های تیمار شده به ترتیب به شکل معناداری کاهش و افزایش یافت.