بررسی اثر مهار آنزیمHIV1RT توسط مشتقات آلکنیلدیآریلمتان (ADAMs) و مقایسه آن بادیکرمهارکننده های غیرنوکلئوزیدی به روش شیمی محاسباتی
چکیده
انالوگهای (1](Hydroxyethoxyl]6(phennylthio)thymine)HEPT و ترکیبات (Alkenyldiarylmethanes) ADAMs ، دو دسته از سری ترکیبات مهار کننده های غیر نوکلئوزیدی آنزیم ترانس کریپتاز معکوس (NNRTIs)HIV1 جهت تعیین فارماکوفورهای مشترک برای اثرات ضد ویروسی مورد ارزیابی قرار گرفته اند . قدرت اثر مهار کنندگی این ترکیبات بر اساس غلظتی که بتواند50 ,ویروس های گونه HIV1 rf را در محیط سلولی CEM_SS از بین ببرد سنجیده شده است . (EC 50) در میان این دو گروه قوی ترین ترکیب HEPT2 بود که رپلیکاسیون ویروس HIV1 را با یک EC 50 حدود 0.0027 M مهار می کند . روش : مدل سازی مولکولی و Geometry Optimization این مولکولها ، با روش محاسباتی مکانیک مولکولی و مکانیک کوانتوم نیمه تجربی توسط نرم افزارهای شیمی محاسباتی PCMODEL,HyperChem5.0,MOPACو... انجام شد . برای رسیدن به نتایج مطلوب تر از ساختارهای بدست آمده از بررسیهای Xray ساختمانهای کریستالی این ترکیبات استفاده شد . پس از رسیدن به سطوح انرژی مینیمم مولکولهای مورد بحث (Global Minima) سوپر ایمپوزیشن مولکولها توسط روش های دستی و اتوماتیک بر حسب پارامترهای مختلف از جمله : زاویه ،بار و گشتاور دو قطبی (Dipole moment) انجام شد و چندین فارماکوفور برای این دو گروه از مهار کننده های غیر نوکلئوزیدی آنزیم ترانس کریپتاز معکوس ارایه شد . نتایج : ارتباط اثر بافعالیت در مولکول های مورد مطالعه بر اساس چندین پارامتر مختلف محاسبه شده انجام گرفت که مقدار گشتاور دوقطبی و جهت آن در مولکولها شارژهای محاسبه شده برای هریک از اتمها حلقه ها و سایر بخش های مولکول ، زاویه بین دو حلقه آروماتیک ، فاصله فضایی بین دو حلقه آروماتیک و در نهایت زاویه دی هیدرال بین دوحلقه جهت ارائه فارماکوفور مناسب مورد ارزیابی قرار گرفتند . بحث و نتیجه گیری : بعد از مقایسه میزان اثر و پارامترهای مختلف ،چندین فارماکوفور برای این دو گروه از مهار کننده های غیر نوکلئوزیدی آنزیم ترانس کریپتاز معکوس ارائه شد. وجود ممان دیپول حدود 35 Debye ، زاویه 102 درجه بین دو حلقه آروماتیک و همچنین فاصله فضایی حدود 7212 A بین دو حلقه آروماتیک در الگوی فارماکوفوری پیشنهادی ضروری است.