بررسی ارتباط تغییرات بیان ژنهای NT5E و PLCXD3 در نمونه‌های تومور سرطان معده در مقایسه با بافت حاشیه تومور به عنوان بیومارکر تشخیصی
Abstract
سرطان معده در رتبه چهارم از لحاظ میزان مرگ و میر قرار دارد که طبق گزارش سازمان جهانی بهداشت در سال 2020 سرطان معده با تعداد 1,089,103 مورد ابتلا جزء پنج سرطان شایع جهان می باشد. طبق مطالعات اپیدمیولوژی، شیوع این بیماری در سال‌های اخیر افزایش جهانی داشته است و طیف وسیعی از مردم، به این بیماری مبتلا شده اند که در مردان دو برابر بیشتر از زنان است. چنین آمار بالایی به دلیل پیشرفت سریع بدخیمی، بروز دیر هنگام علایم بالینی و نیز عدم اطلاعات کافی از مکانیسم های مولکولی درگیر در آن، می‌باشد. هدف ما از این مطالعه، شناسایی ژن های تغییر بیان یافته (DEGs) در آدنوکارسینوم معده با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی و سیستم بیولوژی و ارزیابی اثر داروهای شیمی درمانی رایج بر الگوی بیان ژنهای کلیدی در سلول‌های سرطان معده به عنوان اهداف تشخیصی و درمانی مستعد است، که این خود امری ضروری برای تبیین متدهای تشخیصی و درمانی مؤثرتر جهت مدیریت بهتر سرطان معده و نیز بهبود بقای بیماران می‌باشد.
روش کار: در این مطالعه ابتدا با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی و پایگاه اطلاعاتی TCGA، ژن هایی که دچار تغییر بیان در نمونه های بافت سرطان معده نسبت به نمونه بافت های نرمال شده اند، شناسایی گردید. سپس با استفاده از پایگاه اطلاعاتی GEPIA، از میان ژن های کاندید، ژن هایی که با زنده مانی بیماران سرطان معده ارتباط داشت، اتنخاب گردید. تاثیر این ژن ها بر روی زنده مانی بیماران سرطان معده از طریق داده پایگاه اطلاعاتی Kaplan-Meier plotter برای تایید بیشتر مورد ارزیابی قرار گرفت. سپس از ژن های کاندید، تغییرات بیان ژن هایی که ارزش پیش آگهی دهنده ی بالاتری داشت در نمونه های آزمایشگاهی مورد بررسی قرار گرفت. به این صورت که تعداد 25 نمونه بافت سرطان معده به همراه 25 نمونه بافت سالم مجاور از بانک تومور ایران واقع در بیمارستان امام خمینی تهران تهیه گردید. با استفاده از کیت های تجاری RNA استخراج و سنتز cDNA صورت گرفت. سپس بیان ژن های هدف توسط روش real-time PCR در نمونه ها ارزیابی گردید.
یافته‌ها: این مطالعه با هدف شناسایی ژن های دخیل در زنده مانی بیماران سرطان معده انجام شد. با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی، چندین ژن مرتبط با پیش‌آگهی بیماران سرطان معده شناسایی شدند. این ژن‌ها شامل NT5E، PLCXD3 و چند ژن دیگر بودند که در بافت‌های سرطانی معده تغییر بیان داشتند و با زنده‌مانی بیماران ارتباط داشتند. تأثیر این ژن‌ها بر زنده‌مانی بیماران با استفاده از پایگاه داده Oncodb تأیید شد.