بررسی ارتباط بین RNAهای غیرکدکننده با BRD4 در نمونه¬های بافت سرطان معده به عنوان اهداف تشخیصی

Abstract

با وجود پیشرفت¬های حاصل شده در درمان و تشخیص سرطان، سرطان معده هنوز یکی از شایع¬ترین و کشنده¬ترین سرطان¬های جهان به حساب می¬یابد. آمار بالای مرگ و میر در سرطان معده، بیشتر ناشی از پیش¬آگهی ضعیف بیماران و عدم وجود درمان¬های مؤثر می¬باشد. بنابراین شناسایی اهداف درمانی و تشخیصی جدید و مؤثر برای این بدخیمی یک ضرورت می¬باشد. BRD4 که با تشکیل توالی¬های افزاینده به واسطه¬ی اتصال به هیستون¬های استیله در تنظیم بیان مثبت ژن¬های مختلف نقش دارد، نشان داده شده است که دارای نقش انکوژنیک در اکثر سرطان¬ها، خصوصاً سرطان معده، می باشد. بنابراین شناسایی مسیرهای مولکولی درگیر در تنظیم بیان این ژن می¬تواند منجر به شناسایی اهداف مولکولی ارزشمند برای درمانی و تشخیص سرطان معده شود. RNAهای غیر کد کننده¬ی پروتئین شامل microRNAها و lncRNAها با تعامل با همدیگر نقش بسزایی را در چنین مسیرهای تنظیمی ایفا می¬کنند. از این رو، در این مطالعه تلاش بر شناسایی RNAهای غیر کدکننده¬ی دارای ارزش درمانی و تشخیصی برای سرطان معده به واسطه¬ی تنظیم بیان BRD4 بود. روش کار: ابتدا با استفاده از روش¬های بیوانفورماتیک و استفاده از نرم افزارهای Cancer Regulome و miRmap، microRNAهایی که قابلیت هدف قرار دادن BRD4 را داشتند به عنوان microRNAهای کاندید شناسایی گردیدند. سپس بیان ژن BRD4 و microRNAهای کاندید در نمونه¬های مربوط به دیتاست TCGA-STAD جهت تعیین نقش احتمالی آن¬ها در سرطان معده مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین با استفاده از نمونه¬های TCGA و آنالیز منحنی ROC قدرت بیومارکری این ژن¬ها ارزیابی گردید. سپس نمونه¬های آزمایشگاهی سرطان معده شامل 25 نمونه¬ی بافت سرطان معده اولیه و 25 نمونه¬ی بافت سالم مجاور تهیه گردید. محتوای RNAی نمونه¬ها استخراج شد و بعد از cDNA سنتز، بیان ژن BRD4 و microRNA کاندید و ارتباط بیان آن¬ها در نمونه¬های آزمایشگاهی ارزیابی گردید. همچنین با استفاده از بررسی¬های انفورماتیک lncRNAهایی قابلیت تنظیم بیان BRD4 به واسطه¬ی تنظیم بیان microRNAی کاندید را داشتن شناسایی گردیدند. یافته ها: نتایج به دست آمده از داده¬های انفورماتیک حاکی از ارتباط منفی بین بیان miR-26a-3p و BRD4 و قابلیت این microRNA در هدف قرار دادن ژن BRD4 بود. همچنین نتایج حاصل از آنالیز دیتاست TCGA-STAD حاکی از کاهش بیان این microRNA و افزایش بیان BRD4 در نمونه¬های سرطان معده و ارزش بیومارکری تغییرات بیان آن¬ها داشت. کاهش بیان miR-26a-2p، افزایش بیان BRD4 و ارتباط منفی بین بیان آن¬ها در نمونه¬های آزمایشگاهی سرطان معده نیز تایید گردید. همچنین بررسی¬های انفورماتیکی نشان داد که بیان lncRNAهای DLG5-AS1 و JMJD1C-AS1 با بیان miR-26a-3p به طور معنی داری دارای ارتباط منفی بود. همچنین بیان این دو lncRNA دارای ارتباط مثبت و معنی¬دار با بیان BRD4 در نمونه¬های TCGA-STAD بود که نشان از نقش آن¬های در مسیر تنظیمی miR-26a-3p/BRD4 داشت.