بررسی توالی ژن انولوپ سارس کروناویروس-2 (SARS-CoV-2) جدا شده از بیماران مبتلا به کووید-19 در سال 1399 در شهر تبریز

Abstract

از دسامبر سال 2019، بیماری کووید-19 ناشی از «سارس کروناویروس-2» با سرعت بالا در جهان گسترش یافته و خسارت¬های جبران ناپذیری در زمینه¬های مختلف مانند سلامت، اقتصاد و سایر موارد برای جوامع انسانی به وجود آورد. با افزایش شیوع بیماری در جهان، جهش¬های مختلفی در این ویروس ظهور می¬یابد که بروز این جهش¬ها مانع اصلی برای کنترل و درمان بیماری محسوب می¬گردد. پروتئین E(انولوپ) که جزء پروتئین¬های ساختاری ویروس می¬باشد؛ نسبت به سایر پروتئین¬های ساختاری کمتر مورد مطالعه قرار گرفته است. هدف از این پژوهش، مطالعه شیوع موتاسیون¬های پروتئین E در شهر تبریز و تأثیرات آن بر ساختار، پایداری، خاصیت آنتی ژنیسیته، قدرت اتصال به پروتئین ¬PALS1 می¬باشد. مواد و روش¬ها: تعداد 120 نمونه مثبت سارس کروناویروس-2 از آزمایشگاه مرکزی استان شهر تبریز انتخاب شد و پس از استخراج ژنوم و تأیید مثبت بودن به روش Real-Time PCR با استفاده ازکیت مخصوص تشخیص واریانت، نوع واریانت نمونه¬ها مشخص گردید. سنتز cDNAاز RNA استخراج شده برای نمونه¬ها انجام گرفت. با استفاده از نرم¬افزار مخصوص طراحی پرایمر اختصاصی برای پروتئین انولوپ E انجام گردید و سپس PCR استاندارد انجام شد و به دنبال آن باندهای حاصل در ژل الکتروفورز مشاهده گردید و در نهایت محصول PCR برای توالی¬یابی به مرکز ویروس ¬شناسی دانشگاه تهران ارسال گردید و نتایج حاصل با استفاده از نرم افزار¬های بیوانفورماتیکی آنالیز گردید. یافته¬ها: پس از انطباق توالی نمونه¬های بیماران با توالی رفرانس مشخص گردید که در مجموع تعداد 10 جابجایی نوکلئوتیدی وجود دارد (موتاسیون¬های خاموش و نابجا). از این میان تنها دو موتاسیون باعث تغییر آمینواسید گردیده و مابقی باعث موتاسیون¬های خاموش شده است. موتاسیون نابجا صورت گرفته در پروتئین E در جایگاه آمینواسید 68 و 73 بود که در جایگاه 68 آمینواسید فنیل آلانین جایگزین آمینواسید سرین شده (S68F) و در جایگاه 73 آمینواسید فنیل آلانین جایگزین آمینواسید لوسین شده است (L73F). موتانت L73F و موتانت S68F به ترتیب متعلق به واریانت¬های آلفا و دلتا بودند. جایگاه آمینواسیدی 73 در پروتئین E در موتیفی به نام DLLV قرار دارد. این موتاسیون¬ها باعث تغییر در ساختار پروتئین E و به جهت برهم¬کنش با پروتئین سلولی PALS-1 اهمیت دارد.