شناسایی نواحی بالقوه ایمونوژن در پروتئین های ویروس SARS-CoV-2 با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی

Abstract

SARS-CoV-2 عامل بیماری همه گیر جهانی اخیر COVID-19 بود که منجر به کشته شدن بسیاری از انسانها گردید. واکسن های متعددی برای مقابله با این بیماری مورد استفاده قرار گرفتند اما ایجاد عوارض جانبی از مهمترین چالش های واکسن های تولید شده می باشد. بنابراین با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیکی می توان واکسن هایی با عارضه کمتر و اثر بخشی بیشتر تولید کرد. هدف :شناسایی نواحی بالقوه ایمونوژن در پروتئین های ویروس SARS-CoV-2 با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی . روش کار : ابتدا توالی های تک تک پروتئین های SARS-CoV-2 از سایتNCBI به دست آورده شد و پس از ارائه آن به پایگاه داده IEDB با استفاده از متد recommended برایMHC class II و MHC class I برای تمام الل های ارائه شده در آن پایگاه داده، اپی توپ های محتمل ایجاد گردید. سپس اپی توپ های با افینیتی بالاتر با استفاده از سرور های Vaxijen و ToxinPred و AllerTop به ترتیب از نظر ایمنونوژنیسیته، توکسیسیته و آلرژنیسیته مورد غربالگری قرار گرفتند. همچنین اپی توپ های محتمل خطیB cell ها توسط سرور IEDB، در پروتئین های سطحی ویروس مورد آنالیز قرار گرفت.نتایج: بر اساس آنالیز داده های بدست آمده، در MHC class I الل های A*30:02 ،A*26:01 و A*32:01 و در MHC class II الل هایDPA1*01:03/DPB1*04:01، DRB3*02:02 و DPA1*01:03/DPB1*02:01 بیشترین تعداد اپی توپ با افینیتی بالا در مجموع تمامی پروتئین های ویروس تولید نمودند. همچنین پروتئین های Spike ، NSP12 وNSP3 در مجموع هر دو MHC class I ,II بیشترین تعداد اپی توپ با افینیتی بالا را تولید کردند.نتیجه گیری:می توان بر اساس ابزارهای ایمونوانفورماتیک پروتئین هایی را که با حداقل توالی اسیدآمینه حداکثر تعداد اپی توپ دارای افینیتی بالا را تولید نمایند، انتخاب نمود و در طراحی واکسن مورد استفاده قرار داد.