طراحی روش شناسايی سريع قارچ Candida auris از طريق روش تکثير هم دمایی به واسطه حلقه
Abstract
چکیده:
مقدمه: Candida auris یک گونه کاندیدا غیر آلبیکنس مقاوم در برابر چند دارو است ، که می تواند باعث انتقال بیمارستانی در یک میزبان حساس شود. روش های تشخیص معمول آزمایشگاهی قادر به شناسایی دقیق C. auris از گونه های نزدیک به آن نیستند.
روش کار: این پروژه بر روی 3 ایزوله قارچی C. auris به عنوان کنترل مثبت و 5 گونه استاندارد کاندیدا به عنوان کنترل منفی انجام شد. پس از استخراج DNA از نمونه های مثبت و منفی ، با استفاده از آغازگرهای طراحی شده توسط نرم افزار Primer Explorer V اختصاصیت این آغازگرها در هر دو روش PCR و LAMP بررسی شد. حساسیت روش LAMP با استفاده از غلظت های نزولی DNA C. auris با ضریب رقت 10/1 از106 کپی از ژنوم تا 1 کپی از ژنوم در هر واکنش تعیین شد. محصولات LAMP با استفاده از الکتروفورز ، کدورت سنجی ، بررسی فلورسنتی و رنگ سنجی ردیابی شد. برای تأیید نهایی تقویت و ویژگی صحیح آغازگرها ، محصولات بدست آمده از واکنش PCR توالی یابی شدند.
یافته ها: حد تشخیص (LOD) واکنش LAMP در شناسایی قارچ کاندیدا آئوریس 10 برابر کمتر از واکنش PCR بود. LAMP و PCR به درستی C. auris را شناسایی کردند و اختصاصیت 100% ارائه دادند. تجزیه و تحلیل همولوژی بر اساس نتایج nBLAST شباهت توالی محصولات PCR با توالی های ثبت شده در بانک ژن را نشان داد.
نتیجه گیری: در این مطالعه تکرارپذیری و قابلیت اعتماد واکنش LAMP در ارتباط با تشخیص C. auris در شرایط ایزوترمال بررسی و موردتأیید نهایی قرار گرفت و امکان افتراق این گونه از گونه های پاتوژن نزدیک فراهم گردید.
کلید واژگان: عفونت بیمارستانی، کاندیدا آئوریس، کاندیازیس مهاجم، تکثیر هم دما ، LAMP