کلونينگ و تعيين توالي برخي رايبوسوييچ هاي Alishewanella tabrizica strain RCRI4 و مطالعه مقايسه اي آن ها با رايبوسوييچ هاي متناظر در ساير باکتري ها
چکیده
مقدمه:در تعداد زيادي از mRNA هاي پروکاريوتي قطعاتی در قسمت غير کد کننده به نام رايبوسوييچها وجود دارند که با اتصال به متابوليت خاصي بيان ژن پایین دست را تنظيم مي کنند. رايبوسوييچها مي توانند هدفهاي جديدي برای طراحي آنتی بیوتیک ها باشند. هدف:بنابراین در این مطالعه برآن شدیم تا ساختار فضایی برخی رایبوسوییچ ها را با RNAهای ریبوزومی مقایسه کرده و اتصال احتمالی رایبوسوییچ ها را با آمینوگلیکوزیدها مورد مطالعه قرار دهیم.
از طرف دیگر توالي هاي جديد رايبوسوييچ به شکل بالقوه مي توانند به عنوان عناصر کنترل بيان در بيوتکنولوژي مورد استفاده قرار بگيرند. از اين رو در بخش دیگری از این مطالعه رايبوسوييچ TPP در باکتری به تازگی شناخته شده Alishewanella tabrizica مورد مطالعه قرار گرفت.
روش ها: مقایسه ساختاری بر روی ساختارهای RNA از طریق هم ردیفی های ساختاری و عملکردی انجام گرفت و سپس احتمال اتصال آمینوگلیکوزیدها به رایبوسوییچ ها از طریق مطالعات داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت.
در بخش مربوط به شناسایی رایبوسوییچ TPP از روش های In-line probing و SPR استفاده گردید.
نتایج: در مطالعات ساختاری تشابه فضایی بین رایبوسوییچ ها و RNA های ریبوزومی مشاهده شد. سپس نشان داده شد که تمایل رایبوسوییچ ها به آمینوگلیکوزیدها به طور قابل ملاحظه ای با تمایل rRNA A site به آمینوگلیکوزیدها برابری یا افزونی می کند.
پس از تایید عملکرد رايبوسوييچ TPP مورد مطالعه، تمایل TPP به این رايبوسوييچ با تمایل آن به دیگر رايبوسوييچ های TPP مستخرج از باکتری های دیگر مورد مطالعه قرار گرفت و رايبوسوييچ TPP از A. tabrizica بالاترین تمایل را با KD=2-4nM نشان داد.
نتیجه گیری: در مجموع رایبوسوییچ ها احتمالا به عنوان اهداف جدید ترکیبات آمینوگلیکوزیدی می توانند مورد مطالعات بیشتری قرار بگیرند .
همچنین رایبوسوییچ TPP مستخرج از A. Tabrizica می تواند به عنوان یک قطعه تنظیمی قدرتمند مورد استفاده قرار گیرد.