یافتن بیو¬مارکرهای متابولیکی یا پروتئینی با استفاده از ابزار سیستم بیولوژی برای تشخیص یا پیش‌آگهی سرطان سینه
Abstract
در چند دهه اخیر روشهای مختلفی برای طبقه¬بندی بیماران مبتلا به سرطان توسعه پیدا کرده است. این روشهای طبقه¬بندی شامل روشهایی که اندازه تومور یا مشخصات بافت¬شناسی و همچنین روشهایی که مبتنی بر تعیین مشخصات بیان ژنها در سلولها که با تکنیک‌های مبتنی بر ریزآرایه¬ها انجام می¬گیرند، می‌باشند. هدف از این طبقه‌بندی‌ها تعیین آن دسته از بیمارانی می‌باشد که مشمول یک پروتکل درمانی خاص باشند و به این ترتیب از درمان بیش از اندازه یا کمتر از مقدار نیاز بیماران که منجر به عوارض غیرقابل جبرانی می‌شود جلوگیری به عمل آید. در این مطالعه به بررسی تفاوت‌های پروفایل بیان ژن در سلولهای با گرید مختلف پرداخته شده است.
روش‌ها : پس ازجمع آوری و پیش‌پردازش تمام داده‌های بیان ژن بدست آمده از مطالعات مختلف، داده‌ها به چهار دسته شامل نمونه‌های نرمال و گرید3-1 تقسیم‌بندی شد. در مرحله بعد نمونه‌های هر گرید با نمونه‌های نرمال با استفاده از ابزارlimma در نرم افرارR مورد مقایسه قرار گرفت. پس از یافتن ژنهای با بیان متفاوت در هر گرید این ژنها به منظور بررسی شبکه‌های پروتئینی در هر گرید، میزان تحت تاثیرقرار گرفتن مسیرهای سیگنالینگ درون سلولی در هرگرید و همچنین آنالیز بقاء بیماران با ژنهای با بیان متفاوت هر گرید مورد بررسی قرار گرفت.
یافته¬ها : آنالیز شبکه پروتئینی و میزان تحت تاثیز قرار گرفتن مسیرهای سیگنالینگ سلولی نشان دهنده در هم¬تنیدگی فرایندهای درون سلولی و به اصطلاح نامتجانس بودن فنوتایپ سلولهای توموری در هر گرید و اشتراک مسیرهای سلولی و گره‌های مهم درشبکه هر گرید می‌باشد. از طرفی آنالیز بقا بر روی ژنهای با بیان متفاوت بین سلولهای سالم و توموری با روش کاکس نشان دهنده داشتن خاصیت پیش‌بینی کننده برای بقا و عود مجدد بیماری بوسیله این ژنها می‌باشد و همچنین نشان داده شد که روش طبقه¬بندی براساس گرید منطبق با پروگنوز بیماران نمی‌باشد.
نتیجه گیری: روش طبقه‌بندی بر اساس گرید به دلیل نامتجانس بودن فنوتایپ سلولهای توموری درهرگرید و اشتراک مسیرهای سلولی و گره‌های مهم درشبکه هر گرید به عنوان پایه¬ای برای تعیین پروتکلهای درمانی مفید نمی‌باشد.