بررسی همپوشانی الگوی جهش های تاثیر گذار و نواحی ایمونوژن در پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
Abstract
سرطان گروهی از بیماری هاست که با تقسیم نابجای سلول ها ایجاد می شود. درمان های سرطان شامل جراحی، رادیوتراپی، کموتراپی، ایمونوتراپی می باشد. واکسن های سرطان جزء ایمونوتراپی هستند که سیستم ایمنی را بکار می گیرد تا سلول های سرطانی را حذف کرده و با ایجاد ایمنی خاطره از عود مجدد آن جلوگیری کند.
امروزه بیوانفورماتیک در طراحی واکسن از جایگاه خوبی برخوردار گردیده است. با استخراج داده های مربوط به موتاسیون های دخیل در ایجاد سرطان های دستگاه گوارش به منظور بدست آوردن توالی های نئوآنتی ژن کاندید برای طراحی واکسن تراپیوتیک سرطان، می توان از ابزار های بیوانفورماتیکی بهره جست.
هدف :
بررسی همپوشانی الگوی جهش های تاثیر گذار و نواحی ایمونوژن در پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
روش کار :
ابتدا از پایگاه های داده ی Clinvar NCBI اطلاعات مربوط به موتاسیون های مرتبط با ایجاد سرطان های کلورکتال، معده و مری را جمع آوری گردید. توالی های نوکلئوتیدی کد کننده ی پروتئین های مرتبط، استخراج شد و موتاسیون در آنهااعمال گردید.
جهت مشخص کردن نواحی ایمونوژن در پروتئین موتانت از پایگاه بیوانفورماتیک propred I , II استفاده گردید. سپس جهت یافتن توالی نئوآنتی ژن، بررسی همپوشانی نواحی موتاسیون یافته با نواحی بالقوه آنتی ژنیک انجام شد. در نهایت اپی توپ های حاصله ، از نظر ایمونوژنسیته و آلرژنسیته و سمیت غربال گردید.
نتایج:
از میان 434 جهش پاتوژنیک در 42 ژن مرتبط؛ 200 نئوآنتی ژن ایمونوژن مورد شناسایی واقع گردید. در ادامه بعد از غربالگری، تعداد 23 نئوآنتی ژن کاندید طراحی واکسن تراپیوتیک مشخص گردید.
نتیجه گیری:
تعداد محدودی از موتاسیون های مستعد کننده ی بیماری سرطان های دستگاه گوارش، قابلیت کاندید شدن برای طراحی واکسن های تراپیوتیک دارند و این تعداد محدود فقط در افرادی که واجد موتاسیون های مربوطه هستند قابلیت استفاده را خواهد داشت.