بررسی ساختاری و انرژتیک كمپلكس فاکتور رشد مشتق شده از پلاکت به همراه آنتی بادی مونوکلونال MOR-8457 با استفاده از شبيه سازي دینامیک مولکولی به منظور شناسایی برهمکنش های مهم
چکیده
فاکتور های رشد پروتئین هایی هستند که اعمال مختلفی نظیر تکثیر و مهاجرت سلولی، بهبود زخم و ...را در بدن از طریق اتصال به گیرنده های خود انجام می دهند. یکی از این فاکتور های رشد، فاکتور رشد مشتق شده از پلاکت (PDGF) است که روی گیرنده های مربوط به خود (PDGFR) عمل می کنند. فعالیت بیش از اندازه ی مسیر سیگنالینگ PDGF-PDGFR می تواند در پاتوفیزیولوژی بیماریهایی نظیر سرطان، آترواسکلروزیس، فیبروز ریوی و ... نقش داشته باشد. بنابراین PDGF به عنوان عامل اصلی در فعال سازی مسیر سیگنالینگ PDGF-PDGFR می تواند یک تارگت درمانی مهم باشد.
هدف:
بررسی ساختاری و انرژتیک كمپلكس فاکتور رشد مشتق شده از پلاکت به همراه آنتی بادی مونوکلونال MOR-8457 با استفاده از شبيه سازي دینامیک مولکولی به منظور شناسائی برهمکنش های مهم.
روش کار:
کمپلکس PDGF-BB به همراه آنتی بادی مونوکلونال MOR-8457 به صورت تجربی با روش کریستالوگرافی تعیین و شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از برنامه یAMBER به مدت 10 نانوثانیه انجام گردید. سپس با استفاده از روش MM-(PB)GBSA انرژی آزاد اتصال برای کمپلکس و نیز هر کدام از موتانتها به همراه فاکتور رشد محاسبه و به منظور تعیین اسیدهای آمینه ی مهم درگیر در برهمکنش، از روش Alanine Scanning Mutagenesis استفاده شد.
نتایج:
اسید آمینه های Trp47، Tyr59، Trp102 از زنجیره سنگین و Gly28، Tyr30، Phe31، Asp49، Asp50، Phe90 و Asn93 از زنجیره سبک آنتی بادی و همچنین Val39، Trp40، Arg73، Arg79، Gln79، Lys80، Lys81، Pro82، Phe84، Lys85، Lys86، Phe86 از PDGF-B به عنوان اسید های آمینه کلیدی (hot spot) شناخته شدند.
نتیجه گیری:
نتایج حاصل از این مطالعه می تواند در طراحی پپتیدهای کوچکتر و یا پپتیدومیمتیک ها با قابلیت اتصال به PDGF مورد استفاده قرار گیرد. طراحی چنین مولکولهایی می تواند در هدف درمانی بیماریهایی که PDGF نقش مهمی در شکل گیری آنها دارد سودمند واقع گردد.