آنالیز مولکولی الگوی متیلاسیون پروموترچند ژن بازدارنده تومور در زنان مبتلا به سرطان پستان با استفاده روش MS-MLPA

Abstract

سرطان پستان شایعترین نوع سرطان در میان زنان در سرتاسر جهان می¬باشد. هایپرمتیلاسیون جزایر CpG واقع در نواحی پروموتر، یک مکانیسم مولکولی شایع درعدم بیان ژنهای بازدارنده تومور می¬باشد که در فرایند تومورزایی شرکت می¬کند. شناسایی تغییرات متیلاسیون ژنها در سرطان پستان می¬تواند نقش مهمی در تشخیص زودهنگام بیماری داشته باشد. هدف از مطالعه حاضر تعیین الگوی متیلاسیون نواحی پروموتر چندین ژن بازدارنده تومور در زنان مبتلا به سرطان پستان و ارزیابی ارتباط بین این تغییرات با خصوصیات بالینی و پاتولوژیکی بیماران می¬باشد.روش كار: در این مطالعه الگوی متیلاسیون 24 ژن بازدارنده تومور (با تمرکز بیشتر بر روی ژنهای RASSF1،TIMP3 ، RARB، BRCA1) در 75 نمونه از بافت پارافینه بیماران مبتلا به سرطان پستان از نوع IDC با استفاده از روش MS-MLPA ارزیابی شد. رابطه بین متیلاسیون ژنها و خصوصیات بالینی و پاتولوژیکی بیماران با استفاده از روشهای آماری (تست k2) بررسی شد. این ژنها از نظر رخداد متیلاسیون همزمان بررسی شدند و بیماران با استفاده از روش آنالیز خوشه¬ای بر اساس پروفایل متیلاسیون دسته¬بندی شدند. یافته¬ها: در این مطالعه ژنهای (48%) RASSF1، (44%) CDH13، (36%) GSTP1 و (67/30%)APC با فراوانی بالاتری متیله بودند و فراوانی متیلاسیون در (33/9%)BRCA1 ، (8%)TIMP3 و (12%)RARB می¬باشد. متیلاسیون در (012/0=p ) RASSF1، (028/0=p ) GSTP1 و (017/0=p ) BRCA1 با غدد لنفاوی متاستاتیک و متیلاسیون در (006/0=p ) APC با گرید¬های پایین و (005/0=p ) GSTP1 با گرید¬های بالا ارتباط آماری معناداری داشتند. متیلاسیون بصورت همزمان در ژنهای GSTP1 و CDH13 مشاهده شد (001/0< p). روش آنالیز خوشه¬ای بیماران را به دو گروه اصلی تقسیم کرد. بیماران گروه اول دارای ارتباط آماری معنادار با غدد لنفاوی متاستاتیک (028/0=p ) وگریدهای بالا (005/0=p ) بودند., Breast cancer is the common tumor among women worldwide. Hypermethylation of CpG islands of promoter regions is a common molecular mechanism for inactivation of tumor suppressor genes that participates in the carcinogenesis. Determining the methylation status of genes in cancer plays an essential role in early diagnosis of disease. The purpose of the present study was to evaluate the methylation of tumor suppressor genes in women with Breast cancer. Furthermore, we evaluated the association between clinical parameters and DNA methylation.Materials and methods: The methylation-specific multiplex ligation dependent probe amplification (MS-MLPA) assay was used to analyze the methylation profile of 24 genes (focus on RASSF1, TIMP3, RARB and BRCA1) in formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissue samples from 75 patients with IDC. The K2 test was used to examine the relations between methylation status of CpG islands and clinicopathological variables. Hierarchical clustering was performed to classify patients into the same groups. Results: We observed higher methylation in the RASSF1 (48%), CDH13 (44%), GSTP1 (36%) and APC (30.67%) genes. BRCA1 was methylated in 9.33% of breast tumors, RARB in 12% and TIMP3 in 8%. Methylation of GSTP1 (P=0.028), RASSF1 (P= 0.012) and BRCA1 (P= 0.017) were related with lymph node metastasis. Methylation of APC (P= 0.006) showed a statistically significant association with low histological grade and Methylation of GSTP1 (P=0.005) was associated with high histological grade. Concurrent methylation of GSTP1 and CDH13 was observed (p< 0.001). Hierarchical cluster analysis based on the methylation profile revealed two main clusters of patients, the highly methylated cluster being significantly associated with lymph node metastasis (P=0.028) and high histological grade (P=0.005)