جداسازی و شناسایی مولکولی آکانتامبا در آبهای راکد سطحی شهر تبریز در سال 93-1392

Abstract

آکانتامبا تک یاخته آمفی زوئیک فرصت طلب است. هدف از این مطالعه شناسایی و توصیف آکانتامبا جدا شده از آب های سطحی راکد، در شمال غرب ایران شهر تبریز بود.مواد و روش ها: در طی فصل بهار و تابستان 1393، از 22 منطقه مختلف شهر تبریز نمونه آب جمع آوری شد. نمونه ها بعد از فیلتر شدن و روی محیط کشت Non-Nutrient Agar کشت داده شدند. سپس استخراج DNA ژنومیک از پلیت های مثبت انجام گرفت و واکنش PCR جهت تکثیر ژن 18S rRNA صورت گرفت. لازم به ذکر است که تعدای از ایزوله های مثبت از واکنش PCR جهت تعیین گونه و ژنوتایپ ترادف شدند.نتایج: از تعداد 50 نمونه آب های راکد برخی از مناطق شهر تبریز، تعداد 34 نمونه (68 %) در محیط کشت آگار غیر مغذی مثبت گردیدند. 28 نمونه با روش مولکولی PCR مثبت شدند. با تعیین سکانس به این موارد دست یافتیم، A. lenticulata, (T5) با کد شناسایی (KP940443) و گونه هایی از آکانتامبا با کد شناسایی (KP940444-45) که شباهت زیادی به گونه های A. rhysodes وA. royreba داشتند. پس آبهای راکد سطحی شهر تبریز به آمیب های آمفی زوئیک پاتوژنیک آلوده هستند., Acanthamoeba is an opportunistic amphizoic protozoan found in different fresh water sources. The aim of this study was to identify and characterize Acanthamoeba isolates from surface resting waters, in Northwest Iran. Methods: Samples were collected from twenty-two different areas of Tabriz, Northwest Iran, between May and September 2014. After filtration, samples were cultivated on non-nutritive agar. The extracted DNAs were amplified and sequenced using partial 18S rRNA in order to genotyping and phylogenetic analyses. Results: Thirty-four (68%) out of 50 collected samples were positive for Acanthamoeba spp. based on both culture and morphological characterizations, but 28 samples indicated a specific band in PCR. Six isolates were positive in PCR and negative in cultivation. Sequentially, one isolate was identified as A. lenticulata, (T5) (AN: KP940443, identity 99.7-100% and divergence 0.3%) whilst other sequenced isolates identified Acanthamoeba spp., (AN: KP940444-45) as very similar to A. rhysodes and A. royreba with identity 100% and divergence 0%. The findings indicate that surface resting waters in Northwest Iran, were potentially contaminated with pathogenic amphizoic protozoan.