The aim of this study was to analyze all the Nanog genes in different animals in proteome level that has been identified the controlling mechanisms of these genes activity in various animals. In this study, all Nanog protein sequences (of all creatures) were extracted from protein databases. Different protein variants (over 1000 variables) were calculated for each gene. The most important variables in the protein were identified using the Attribute Weighting, Decision Tree and Prediction Models. The conclusion of the above methods resulted in the identification specific characteristics of the control mechanisms of protein and provides controlling their expression in the laboratory. In the study that we have performed we showed that Nanog gene nucleotides is about 87% similar in human and mice stem cells. Therefore we focused on Nanog gene expressions in human. The factors that down regulate the Nanog grene expression include: P53 and microRNAs; whereas the factors that up regulate the Nanog gene expression include: Stat3,OCT4, SOX2, Hedhog., هدف این مطالعه، آنالیز ژن های نانوگ در جانوران مختلف بویژه انسان در سطح پروتئومی وژنومی بوده تا نقش این ژن و فعالیت آن در عملکرد سلولهای بنیادی و سلولهای سرطانی شناسایی گردد. یکی از نرم افزار های مهم بیوانفورماتیکی موجود به منظور بررسی روابط ژنی و پروتئینی، نرم افزار Pathway Studio (http://www.elsevier.com/online-tools/pathway-studio). این نرم افزار یک نرم افزار زیستی و کمک تصمیم گیری می باشد که به محققان این اجازه را می دهد که مکانیزم و نحوه عمل بسیاری از بیماری ها را ساده تر دریابند و هم چنین این نرم افزار کمک می کند تا پژوهشگران، روابط متقابل پروتئین ها با یکدیگر را با استفاده گراف های زیستی ای که فراهم می کند، بررسی نمایند. این نرم افزار داده های زیستی خود را از پایگاه های متفاوتی تهیه می نماید از قبیل RESNET، BIND، DIP .در مطالعه ای که انجام شد مشخص گردید که توالی های ژنی فاکتور نانوگ در سلولهای بنیادی جنینی انسان و موش، به میزان 87% مشابه یکدیگر می باشد. بنابراین در این مطالعه بیشتر بر روی عوامل موثر در بیان ژن نانوگ در سلولهای بنیادی انسان و تاثیرات این ژن تمرکز گردیده است. از جمله عوامل موثر در سرکوب بیان فاکتور نانوگ، فاکتور P53 وmicroRNAs می باشد و فاکتورهایی که منجر به افزایش بیان ژن نانوگ می شوند عبارتند از:. Stat3,OCT4, SOX2