آنالیز مولکولی پلی مورفیسم های ژن foxp3 در بیماران مبتلا به سندرم بهجت

Abstract

Background:Behcet's disease isan autoimmune diseasewithgenetic and environmental predispositionthat involving all organs, including the skin and mucous membranes, gastrointestinal, respiratory, heart, brain andnervoussystem andblood. Genetic and environmental factors known to cause Behcet's disease. Foxp3 gene is important molecules in Treg cell function in the maintenance of immune tolerance and regulation. Thus, this transcription factor have very important role in the production of Treg phenotypes. Foxp3 gene polymorphism can lead to an imbalance in the immune system and serious clinical complications in humans. Current study have surveyed the two SNP gene FOXP3 (rs3761547 and rs3761548) in Behcet's disease for the first time. Material and Methods: To clarify the association between the FOXP3 gene and the risk of BD, 50 patients diagnosed with BD and 50 healthy controls from northwestern Iran were genotyped by PCR and RFLP (Mun I and Pst I) for two SNPs including rs3761547 (3499T/C) and rs3761548 (-3279 C/A) in the promoter region of FOXP3 gene. Data were analysed using spss 16 and chi-square test. In addition, a 506 bp nucleotide sequence of FOXP3 promoter was analyzed in 12 controls and BD patients using bioinformatic softwares such as chromas, BLAST and ClustalW. Results: The frequency of SNP rs3761548 were 75% and 36% in BD and control group, respectively. The difference between the two groups was statistically significant (P = 0.002). Therefore, based on these results, the rs3761548 polymorphism in FOXP3 gene appears to be predisposing factor of Behcet's disease. In the SNP rs3761547, despite the difference in the values of two groups, it was statistically significant in the borderline (P = 0.084). Therefore, based on these results, it seems that this polymorphism is not predisposing factors of Behcet's disease. Comparison of the 12 sequences obtained in this study with sequences in GenBank showed 99-100% similarity. The sequence similarity within the 506 bp sequences of current study was 100 %. Sequences obtained in this study is including all properties of FOXP3 promoter such as GC, TATA Box, CAAT Box Transcription Factor. The sequences of these regions were quite similar in all sequenced samples., این مطالعه برای اولین بار ارتباط دو SNP ژن FOXP3 (rs3761547 و rs3761548) را در سندرم بهجت مورد بررسی قرار داده است.مواد و روش ها: در این تحقیق از 50 بیمار مبتلا به بهجت که شرایط ورود به مطالعه را دشتند خونگیری بعمل آمد. 50 نمونه هم از افراد سالم و داوطلب به عنوان کنترل وارد مطالعه شدند. برای بررسی وجود موتاسیونها در ژن FOXP3 پس از استخراج DNA از PCR و RFLP استفاده شد. همچنین بطور تصادفی بخشی از پروموتور ژن مذکور در 12 نمونه از بیماران و کنترل تعیین توالی شد. برای آنالیز داده ها هم از نرم افزار SPSS ویراست 16 و آزمون آماری 2 استفاده شد. آنالیز توالی ها هم با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک Chromas، BLAST و ClistalW انجام گردید.یافته ها: فراوانی SNP rs3761548 در بیماران مبتلا به بهجت 75 درصد و در گروه کنترل 36 درصد بود. اختلاف بین دو گروه ان نظر آماری معنی دار بود (002/0P=). لذا براساس این نتایج، به نظر می رسد پلی مورفیسم rs3761548ژن FOXP3 از عوامل مستعد کننده سندرم بهجت باشد.در مورد SNP rs3761547علیرغم اختلاف در مقادیر فراوانی ها در دو گروه، از نظر آماری در حد مرزی معنی دار بود (084/0P=). لذا براساس این نتایج، به نظر می رسد این پلی مورفیسم از عوامل مستعد کننده سندرم بهجت نباشد.مقایسه هر کدام از 12 توالی بدست آمده با توالی های موجود در بانک جهانی ژن نشان دهنده شباهت 100-99 درصدی آنها با ژن FOXP3 انسان بود. میزان شباهت در بین نمونه های تعیین توالی شده در bp 506 تعیین توالی شده در این مطالعه هم 100 درصد گزارش می گردد. توالی های حاصل از این مطالعه همه خصوصیات پروموتور FOXP3 از قبیل GC، TATA Box، CAAT Box همچنین محل های مختلف اتصال Transcription Factor را دارا می باشد. توالی این نواحی در همه نمونه های تعیین توالی شده کاملا شبیه هم بودند.