بررسی فیلوژنتیکی و تعیین ژنو‌تیپها و ساب‌تیپهای ویروس هپاتیت B در تبریز طی سال 1400
Abstract
هدف ما از این مطالعه دستیابی به بینشی وسیعتر در مورد تکامل HBV در منطقه آذربایجان شرقی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بر اساس توالی پروتئین سطحی ویروس ( HBsAg) جهت تعیین ژنوتیپ و ساب‌ژنوتیپهای آن است. سویههای دارای جهش در اپیتوپهای آنتی‌ژنیک HBsAg قابلیت فرار از تشخیصهای معمول را دارند لذا شناسایی آن¬ها با روشهای جدید و نحوه درمان و پیشگیری مهم است. یافتههای احتمالی این تحقیق در نظام بهداشت عمومی برای ارتقاء روند پیشگیری و درمان حائز اهمیت خواهند بود.
مواد و روش کار: در مطالعه توصیفی مقطعی حاضر بعد از اخذ رضایت‌نامه اخلاقی، نمونه خون از ۹۵ بیمار مبتلا به هپاتیت B مزمن مراجعه کننده به آزمایشگاه مرکزی استان در تبریز تهیه گردید و سرم جدا شده از نمونهها جهت بررسی وجود مارکرهای سرولوژیک هپاتیت B، HBsAg،HBeAg ، Anti-HBe و Anti-HBc با استفاده از تکنیک الایزا (ELISA) در آزمایشگاه ویروس شناسی دانشکده پزشکی تبریز استفاده شد. مارکرهای بیوشیمیایی سرمی مرتبط با کبد همچون ALT، AST و ALP با دستگاه اتوآنالایزر مورد سنجش قرار گرفتند. ژنوم ویروس هپاتیت B توسط کیت استخراج DNA (QIAGEN) از سرم استخراج گردید. محصول استخراج ژنوم از همة نمونههای جمع‌آوری شده برای تعیین حضور HBV-DNA از طریق Nested-PCR با پرایمرهای اختصاصی بررسی شدند. نمونههای مثبت از نظر حضور HBV-DNA به عنوان مبتلایان به HBV شناسایی شدند و توسط Real-time PCR مورد بررسی کمی جهت تعیین بار ویروسی قرار گرفتند. سپس ژن HBsAg در بیماران HBV توالی¬یابی شد و نتایج حاصل پس از توالی¬یابی با استفاده از روش¬های بیوانفورماتیکی جهت آنالیز ژنوتیپ ویروس و جهش¬های احتمالی مورد استفاده قرار گرفتند.
یافته‌ها: در تمام بیماران شناسایی شده ژنوتیپ ویروس هپاتیت B از نوع D و ساب‌تیپهای ayw2 (7/94%) به عنوان سابتیپ غالب، ayw3 (1/3%)، ayw4 (1/2%) بودند. پس از انطباق توالی نمونههای بیماران با توالی رفرانس مشخص گردید که در مجموع 169 جابهجایی نوکلئوتیدی در سویههای HBV وجود داشت (جهش¬های خاموش و نابجا(. که در این میان 81 (48%) جهش نابجا و 88 (52%) جهش خاموش بودند. در 31 نمونه (6/32%) هیچ یک از تغییرات نوکلئوتیدی یا اسید‌آمینه مشاهده نشد. در هشت نمونه (4/8%) از 95 نمونه حداقل یک جهش در ناحیه HBsAg "a" determinant مشاهده گردید. 58 جهش (6/71%) از 81 جهش اسید‌آمینه در اپیتوپهای ایمونولوژیک دیده شد که 16 جهش (5/27%) در اپیتوپهای سلول B، 17جهش (3/29%) در اپیتوپهای T helper و 25 جهش(1/43%) در اپیتوپهای CTL رخ داده بودند. شیوع جهشها در ناحیه MHR 7/19% بود.