مقایسه بیان رد¬پای¬ژنی حاصل از آنالیز سیستم بیولوژی داده¬های ترانسکریپتوم سلول¬های تک هسته¬ای خون محیطی در بیماران مبتلا به عفونت مزمن هپاتیتB ، کارسینوم هپاتوسلولار و افراد سالم

Abstract

ویروس هپاتیت B (HBV)، باعث بیماری هپاتیت B حاد و مزمن (CHB) در انسان می¬شود. CHB عامل اصلی نارسایی کبد، سیروز و کارسینوم هپاتوسلولار (HCC) در سراسر جهان است. عفونت HBV با وجود دارو¬ها و واکسن¬های موثر، همچنان یک مشکل عمده سلامتی است. بنابراین، کشف روش‌های تشخیصی و درمانی جدید ضروری است. استفاده از یک روش با تهاجم کم مانند گرفتن خون می¬تواند جایگزین جذابی برای بیوپسی کبد باشد. سلول¬های تک هسته¬ای خون محیطی (PBMCs) اجزای مهم سیستم ایمنی هستند و بررسی ژن¬های کلیدی در آن، ارتباط بین بیان ژن تغییر¬یافته و بیماری‌ها را نشان داده است و همین موضوع می¬تواند به عنوان یک ابزار بالینی بالقوه مورد استفاده قرار گیرد. هدف: ارزیابی چگونگی تغییر مشخصات رونویسی در PBMCs بیماران HCCو مبتلایان به CHB. این پروفایل¬های بیان افتراقی ممکن است برای تعیین پیش¬آگهی و تشخیص مراحل در فازهای مختلف بیماری هپاتیت B مفید باشند. مواد و روش¬ کار: در این مطالعه، در مجموع 60 نمونه خون کامل از شرکت کنندگان، شامل افراد سالم (20 نفر)، بیماران CHB (20 نفر) (نمونه افراد سالم و CHB از آزمایشگاه مرکزی استان آذربایجان شرقی دریافت گردید) و HCC اولیه (20 نفر) از بخش پیوند بیمارستان امام خمینی (ره) تهران، جمع آوری گردید. بلافاصله پس از دریافت خون، استخراج RNA توسط محلول TRIzol از نمونه¬های PBMC تازه، صورت گرفت. داده¬های بیان ژنی میکرواری (Microarray) از پایگاه بیان ژنی GEO استخراج و ژن¬های بیان شده متمایز (DEGs) هر کدام از نمونه¬ها توسط سرور GEO2R آنالیز شدند. غنی¬سازی ژن¬ها (توسط سرورDAVID Functional Annotation Tool ) انجام گردید. از نرم¬افزار Cytoscape به منظور ساخت شبکه¬های برهم¬کنش پروتئین-پروتئین (PPIs) و اندازه¬گیری ویژگی¬های توپولوژی مورد استفاده قرار گرفت. در نهایت برای تایید تغییر بیان آن¬ها از SYBR-Green Real-Time PCR استفاده شد. علاوه براین بار ویروسی در سرم بیماران نیز مشخص گردید. یافته¬ها: مقایسه پروفایل بیان ژنی افراد سالم و بیماران CHB نشان داد که تعداد 238 مورد تغییر DEG (افزایش بیان 145 ژن و کاهش بیان 93 ژن) وجود دارد. همچنین 88 مورد DEG در مقایسه پروفایل بیان ژنی بیماران CHB و HCC به دست آمد به طوری 48 ژن دارای افزایش و 40 ژن دارای کاهش بیان بودند. 4 ژن MAX، EGR1، JUN و MAFF به عنوان ژن اصلی (Hub gene) معرفی گردید. همچنین بار HBV در بیماران HCC به طور معنی¬داری بیشتر از افراد CHBبود.