پیش‌بینی تارگت‌های محتمل برای داروی گلاتیرامر استات از بین تارگت‌های مرتبط با بیماری آلزایمر

Abstract

مقدمه: طبق شواهدات موجود در مطالعات قبلی پی برده شد که داروی پپتیدی گلاتیرامر استات که در درمان بیماری خودایمنی ام اس موثر است بر روی اثرات شناختی بیماری آلزایمر نیز اثرات مثبت نشان داده است. هدف: پیش‌بینی تارگت‌های محتمل برای داروی‌ گلاتیرامراستات از بین تارگت‌های مرتبط با بیماری آلزایمر.روش کار با استفاده از مدل‌ های توسعه داده شده زبان برنامه‌ نویسی python و مولکول‌های موجود در سایر databaseها مولکول‌های تارگت مورد نظر را با متدBaysian finger print که یک روش مبتنی بر شباهت است را انتخاب می‌کنیم. سپس اندیس تشابه glatiramer acetate با مهارکننده‌ ها و لیگاندهای تارگت‌ های موجود در ChEMBL25 database را طبق روش classification محاسبه کرده و تارگت‌ هایی با اندیس بیش از 0.9 را انتخاب می‌کنیم. در مرحله بعد تارگت‌ها را بر اساس شواهد تجربی رتبه بندی نموده و تارگت‌ هایی با رتبه بالاتر جهت بررسی مکانیسم مولکولی را انتخاب می‌کنیم. به‌ منظور پیش بینی مکانیسم برهم کنش بین glatiramer acetate با تارگتهای پیش بینی شده با روش Docking مولکولی از نرم افزار Autodock یا ابزار آنلاین استفاده می‌کنیم. و در آخر روش محاسباتی خود را به‌ منظور بررسی صحت داده‌ها به روش خارجی معتبرسازی میکنیم.نتایج: از پایگاه KEGG و متون علمی 107 تارگت استخراج گردید که بعد از استفاده از مدل توسعه داده شده زبان برنامه نویسی پایتون ، سرانجام 2 تارگت با proba> 0.9 به نامهای AMPA1 و GCPⅡ برای بررسی برهمکنش و مکانیسم اتصال با داروی گلاتیرامراستات انتخاب شد.نتیجه گیری: با استفاده از مدلهای توسعه داده شده و روش داده کاوی به کار رفته در این مطالعه، تارگتهای موثر در بیماری آلزایمر برروی داروی گلاتیرامراستات شناسایی شد. از نتایج حاصل از این روش می‌توان برای پیش بینی تارگت و پیدا کردن ترکیب پیشرو استفاده کرد.