ارزیابی سطح بیان FXYD1، ATP1A2 و ADCY3 در بافت توموری و حاشیه تومور افراد مبتلا به سرطان پستان

Abstract

سرطان پستان از شایع ترین سرطان های شناخته شده در میان زنان دنیا و یکی از علل اصلی مرگ زنان می باشد. این سرطان یک بیماری پیچیده است که چندین مسیر مولکولی در سبب شناسی آن درگیر هستند و شناسایی مسیرهای مولکولی و ژنهای موثر در این بیماری می تواند در طراحی درمانهای آتی موثر واقع شود. بر همین اساس، از مطالعات بیوانفورماتیکی انجام شده روی نمایه های بیان ژنی در مطالعات ریزآرایه استفاده شد و مشخص شد ژنهای درگیر در مسیر پیام رسانی(cAMP signaling pathway) cAMP در بافت سرطان پستان نسبت به بافت مجاور همان تومورها تغییرات بیان داشتند. از میان ژنهای این مسیر FXYD1(Phospholemman) کنترل کننده دومین تنظیم کننده کانال ناقل یونی Na+/K+ ATPas /NKA، ژن ATP1A2 کد کننده بخش تنظیم شونده کانال یاد شده و ژن ADCY3 سازنده ی cAMP جزو اجزا مهم مسیر مولکولی یاد شده بودند که تغییر در بیان آنها میتواند فعاالیت این مسیر را تحت تاثیر قرار دهد. در مطالعه حاضر، با بررسی بیوانفورماتیکی نمایه های بیانی ژنها از مجموعه داده های مرتبط ژنهای دارای اختلاف بیان متمایز بین بافت تومور و حاشیه تومور معین شد، و سپس سطح بیان ژنهای ATP1A2, FXYD1 و ADCY3 در نمونه های بالینی در بافت توموری و حاشیه توموری افراد مبتلا به سرطان پستان بررسی شد. مواد و روش‌ها: با استفاده از مجموعه داده های مطالعات ریز آرایه که بروی پایگاه داده ی GEO قرار گرفته بود، دو مجموعه داده بیان ژنی از بافت تومور و حاشیه تومور سرطان پستان به شماره های GSE70947 و GSE70905 با بسته آماری لیما بوسیله زبان برنامه نویسی Rآنالیز شدند تا نمایه های بیان ژنهای دارای اختلاف بیان معنادار تعیین گردد. از میان نتایج بدست آمده ژنها دارای اختلاف بیان معنادار جهت مطالعات غنی شدگی مورد مطالعه قرار گرفت که بر اساس آنها، مسیر پیام رسانی cAMP با بیشترین معنا داری آماری دچار تغییر شد بود، سه ژن FXYD1, ATP1A2 و ADCY3 از اجزا این مسیر، برای بررسی روی نمونه بالینی انتخاب شدند. در مرحله بعدی پس از جمع آوری 50 نمونه بافت تومور و بافت حاشیه تومور از بیماران مبتلا به سرطان پستان، استخراج RNA سنتز cDNA و آزمون Real-time PCR سطح بیان ژنهای یاد شده مطالعه شد. یافته‌ها: نتایج مطالعات In silico بروی مجموعه داده های مورد آنالیز قرار گرفته توسط بسته آماری لیما، ژنهای دارای بیشترین اختلاف بیان میان نمونه های توموری و حاشیه توموری را مشخص نمود که 656 ژن دارای افزایش بیان معنادار (سطح معنا داری را با Adjusted P-value کمتر از 0.05 تعیین نمودیم) و 543 ژن دارای کاهش بیان معنا دار بودند. با بکار گیری لیست ژنهای دارای کاهش بیان بدست آمده، مطالعات غنی شدگی توسط پایگاه داده ی EnrichR نشان داد که ژنهای عضو مسیر پیام رسانی cAMP به صورت معنا داری دچار تغییر شده اند و از اجزا این مسیر سه ژن ATP1A2، FXYD1 و ADCY3 پس از متا آنالیز بوسیله ابزار آنلاین INMEX جزو ده ژن دارای بیشترین کاهش بیان در بافت تومور نسبت به حاشیه تومور بودند. هر چند، سطح بیان این ژنها در نمونه های بالینی تومور پستان و بافت حاشیه تومور آن افزایش نشان داد.