طراحی شبکه زیستی با استفاده از آنالیزهای پروتئوانفورماتیک برای شناسایی آنتی ژن های کاندیدای واکسن علیه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس

Abstract

در طی 220 سال گذشته بیماری سل بعنوان مهلک ترین بیماری عفونی شناخته شده است. واکسن ب-ث-ژ بعنوان یک واکسن پیشگیری کننده با وجود ایجاد ایمنی بالا در کودکان، در جوانان و بزرگسالان و افراد دارای سیستم ایمنی تضعیف شده سطوح حفاظتی-ایمنی متغیری را از خود نشان داده که در کنار بیماران مبتلا به بیماری ایدز و افزایش سویههای مقاوم به درمانهای دارویی، اهمیت توسعه بسترهای مورد نیاز برای رسیدن به یک واکسن جدید و کارآمدتر را نشان میدهد. هدف: شناسایی آنتیژنهای جدید بعنوان نامزد جهت استفاده در ساختار واکسن مبتنی بر اپیتوپ علیه م. توبرکلوزیس از طریق بکارگیری ابزارهای کامپیوتری و ایمونوانفورماتیک هدف مطالعه میباشد. روش کار: برای ایجاد شبکه واکنش پروتئین-پروتئین اطلاعات اولیه از دیتابیس STRING گردآوری شده و اطلاعات بدست آمده با استفاده از نرم افزارهایی که توانایی آنالیز اینگونه شبکه ها را دارا هستند، جهت تشخیص پروتئینهای حیاتی مورد ارزیابی قرار گرفت. سپس با استفاده از سایر ابزارهای مبتنی بر رایانه مانند تشخیص موقعیت پروتئین از تعداد نامزدهای احتمالی جهت توسعه واکسن جدید کاسته شد. یافته ها: با استفاده از روش ذکر شده جهت پیدا کردن پروتئینهای حیاتی، تعداد پروتئینهای موجود در توالی منبع باکتری M. tuberculosis که 6993 عدد میباشد، به 086 عدد تقلیل یافت. سپس با استفاده از سایر ابزارها در مراحل متوالی، تعداد 8 پروتئین که دارای اکثر شرایط مناسب جهت معرفی بعنوان نامزد احراز گردیدند. نتیجه گیری: ره یافتی جهت شناسایی پروتئینهای حیاتی میکروارگانیسم زنده مانند باکتری از طریق آنالیزهای توپولوژیکال و شبکه زیستی میکروارگانیسم میتواند تحقیقات جهت یافتن نامزدهای احتمالی واکسن را بهبود بخشد. استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک در این پروژه نشان از بلوغ ابزارهای مبتنی بر محاسبات رایانه ای است. پروتئینهای معرفی گردیده در این پروژه میتوانند در ادامه مورد آنالیزهای بیشتر جهت طراحی واکسن بخصوص مبتنی بر اپیتوپ قرارگیرند.