بررسی ژنوتایپهای تریکوموناس واژینالیس جداشده از زنان مراجعه کننده به مراکز بهداشتی درمانی شهر تبریز براساس ژن بتا اکتین ، به روش مولکولی PCR-RFLP در سال 93-92

Abstract

تریکومونیازیس به عنوان یک بیماری منتقله از راه جنسی(STD)، با خصوصیات ژنوتایپی متنوع و تظاهرات بالینی گوناگون در زنان علامت دار و بدون علامت شناحته می شود.شناسایی قطعی گونه های تریکوموناس واژینالیس با استفاده از روش‌های مولکولی به ویژه تعیین توالی و آنالیزهای فیلوژنتیکی انجام میشود. با این وجود، استفاده از الگوهای PCR-RFLP استاندارد به دلیل ویژگیهای هتروژنیسیتی ژنوم گونههای مختلف تریکوموناس واژینالیس، به طور گسترده استفاده نمیشود. بنابراین طراحی الگوهای استاندارد، باید بصورت بومی در مناطق تحت مطالعه در نظر گرفته شود.روش اجرا: نمونه ها از 30 زن مبتلا به تریکوموناس واژینالیس مراجعه کننده به مراکز بهداشتی درمانی شهر تبریز جمع آوری شدند. از نمونه های به دست آمده اسمیر تهیه شد و کشت داده شدند. DNA 30 نمونه استخراج شدند و پس از تکثیر، توسط تکنیک nested PCR وPCR- RFLP با استفاده از 2 آنزیم اندونوکلئازی Mse1 و RsaI شناسایی شدند. متعاقبا، نقشه In-Silico مطابق با تکنیک مذبور به منظور شناسایی گونههای تریکوموناس واژینالیس طراحی و اجرا شد. نهایتا، آمپلیکون های ژن اکتین به طور مستقیم برای شناسایی استرین/ هاپلوتایپهای جدید تعیین توالی شدند.یافته‌ها: : نتایج PCR-RFLP به همراه آنالیزهای ملکولی و تعیین توالی، حضور قطعی ژنوتایپ‌های G وE را به همراه 2 هاپلوتایپ جدید و 2 جایگزینی اسیدآمینه در کدون های 192 و 211 در ژنوتایپ‌های تعیین شده آشکار ساختند. با این حال، ژنوتایپ پیش بینی شده دیگری براساس نقشه طراحی شده در این منطقه یافت نشد., Trichomoniasis as a sexually transmitted disease (STD) is characterized by various genotypic traits and different clinical signs in asymptomatic to symptomatic women. The definitive discrimination of Trichomonas vaginalis strains is principally carried out by sequencing strategy. However, the application of polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) patterns is not generally used as a result of heterogeneity traits of Trichomonas genomes. Therefore, employing a standardized pattern should indigenously be noticed in understudied areas. Materials & Methods:Sampling was taken from 30 asymptomatic women to T. vaginalis in northwestern Iran. The obtained samples were smeared and cultured. 30 DNA samples were extracted, amplified and identified by nested polymerase chain reaction of actin gene and PCR-RFLP using two endonuclease enzymes: Mse1 and RsaI. Subsequently, an in silico mapping was designed and conducted for identifying of T. vaginalis strains. Amplicons of actin gene were directly sequenced in order to identify the strains/haplotypes.Results:PCR-RFLP patterns, sequencing and phylogenetic analyses revealed definitely the presence of the G and E strains containing two haplotypes and two amino acid substitutions in codons 192 and 211 although, no other expected strains were found based on designed profiles.