پیش بینی اثرات ترکیبات موثر در مسیر التهاب ناشی از اینترلوکین-6 بر روی گیرنده های مرتبط با سرطان کولون موجود

Abstract

مقدمه: اینترلوکین 6 یک سایتوکاین التهابی است که بر گیرنده‌های مختلف مسیر سرطان کولون تاثیر می‌گذارد. مطالعه ترکیبات موثر بر این مسیرها در جریان درمان سرطان کولون، حائز اهمیت است. هدف: پیشبینی اثرات ترکیبات موثر در مسیر التهاب ناشی از اینترلوکین-6 بر روی گیرنده‌های مرتبط با سرطان کولون روش کار: در این مطالعه پس از انتخاب پروتئین‌های موثر با استفاده از دیتابیس KEGG، اندیس تشابه تانیموتو مبتنی بر fingerprintها محاسبه شده، تارگت‌ها برای هر ترکیب پیشبینی شده و ترکیبات موثر بر جفت تارگت‌ها انتخاب شدند. جهت بررسی برهمکنش ترکیب‌های منتخب با تارگت‌های پیشبینی شده، از روشهای داکینگ مولکولی استفاده شد. جهت انجام مطالعه یک روش داده کاوی سیستماتیک با استفاده از پلت فرم Knime توسعه داده شد. همچنین دیتاسرور مورد نیاز برای استفاده آفلاین، با نرم‌افزار MYSQL و پایگاه داده Chembl25 ایجاد گردید. نتایج: در ابتدا از پایگاه KEGG 76 تارگت و 44946 ترکیب انتخاب گردید که پس از اعمال فیلترهای مربوطه 246 ترکیب برای 43 تارگت در قالب 74 جفت تارگت انتخاب شدند. پس از بررسی اهمیت جفت تارگت‌ها، GSK3-AKT1، GSK3-JAK1، STAT3-AKT1 و mTOR-AKT1 به دلیل وجود شواهد مبنی بر اثرات سینرژیستی پروتئین‌های هر جفت، انتخاب شدند. جهت بررسی احتمال صحیح بودن تارگت پیشبینی شده برای این جفت تارگت‌ها، برهمکنش یک ترکیب مهارکننده برای هر جفت به روش داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه گیری: با استفاده از روش توسعه داده شده در این مطالعه، ترکیبات موثر روی جفت تارگت‌های دارای اثر سینرژیستی در سرطان کولون شناسایی شد. روش داده کاوی به کار رفته امکان انجام مطالعاتی با تعداد فراوان تارگت و لیگند را در 20 دقیقه فراهم کرد. از نتایج حاصل از این روش می توان برای پیشبینی تارگت و پیدا کردن ترکیب پیشرو استفاده کرد.